清朝 (公元1644∼1911年)
關於清朝
由於長期內憂外患，明朝終於1644年被滿清貴族推翻。清初為緩和階級矛盾，實行獎勵墾荒、減免捐稅的政策，國內和邊疆的社會經濟都有所發展。最初的幾位皇帝，特別是康熙(1662∼1722)、雍正(1723∼35)及乾隆(1736∼96)，史稱「康雍乾盛世」，促進社會發展至新的景象。不僅解決了中國歷史上，游牧族與農耕族之間日久的衝突；同時採納一系列政策，發展邊疆地區的經濟、文化和交通，鞏固國內多民族的統一，也奠定了現代中國的版圖。儘管清朝取得令人矚目的成就，但其發展並未超越傳統封建、專制主義體制。經濟上仍以農立國；文化思想上提倡封建禮教。外交上長期閉關自守，盲目自大。因而與同時期的西方歐洲國家蓬勃發展的形勢相比，滿清所取得的成就則相形見絀，已落後於世界發展的潮流，並且存在越來越大的距離。
清朝中葉以後，各種社會矛盾日益暴露，反清鬥爭接連不斷，經歷9年的白蓮教起義，結束了清朝的全盛時期。1840年鴉片戰爭後，帝國主義入侵，清廷與侵略者分別締結了一系列不平等條約，割地賠款，開放通商口岸，逐步淪為半封建半殖民地社會。滿清國主權受損，政治腐敗，進入了衰落時期。1911年孫逸仙發起辛亥革命，成功推翻清朝。
溫病學的繼續發展
明朝時代，吳有性的《溫疫論》是" 溫病"學的重要里程，其他醫家對溫病學體系繼續進行臨床實踐及理論探討。清朝溫病學說有更進一步發展，已經形成了獨立專題。這個時期的重要人物及著作有，葉桂與《溫熱論》、薜雪與《濕熱條辨》、吳瑭與《溫病條辨》。 晚清時期，雖然中醫面對西方醫學嚴峻的考驗，醫家們繼續擁護《傷寒論》、劉完素的 "寒涼派"、《神農本草經》，以及其他傳統中醫理論，中醫學仍舊受到普遍支持。王士雄(1808∼66)，終其一生研究溫病，撰寫《溫熱經緯》一書。柳寶詒(1842∼1901)的《溫熱逢源》及雷豐之《時病論》(1882)仍然對溫病學的發展有一定貢獻。
人體解剖學
中醫有關人體解剖學的知識，在《黃帝內經》中已有記載，但一直發展緩慢，部分原因歸咎於中醫外科手術沒有受到重視。
1830年《醫林改錯》的刊行，糾正了前人關於人體臟腑記載的某些錯誤。其作者王清任(1768∼1831)在長期行醫過程中，發現前人醫著中對人體器官的記載有好些錯誤處，深感醫家掌握正確人體臟器知識的重要性。他細心觀察放置在義冢的屍體，發現很多以前中醫學不了解的器官，例如腹主動脈(衛總管)、上腔靜脈(榮管)、胰臟(總提)及橫膈膜(膈膜)等結構，尤其對膈膜的記述相當正確。也糾正了"肺中有24孔"、"尿從糞中滲出"等錯誤論斷。他又再一次肯定腦子主宰思維記憶的功能。
人痘接種術 - 天花預防
先前描述明朝天花為患，人們已開始懂得預防方法。比較確實的歷史資料是1727年俞茂鯤於《痘科金鏡賦集解》一書中所提及，有效的天花預防方法，人痘接種法在1567∼72年經已施行。其中一種接種方法，是以天花患者痊癒期的疹皮痂，磿成細粉作為痘苗，從未出過天花疹的健康人士，利用銀筒幫助吸入鼻腔，就可產生抵抗力。雖然這種方法仍不完善，但有重要歷史意義，它不僅是牛痘發明前預防天花的有效方法，更是人工免疫法的先驅。在中國各地廣泛應用，並很快流傳到歐洲多國。
《本草綱目》補充及草藥治療
趙學敏 (約1719∼1805)編輯及補充了《本草綱目》，對中醫藥作出重大貢獻。《本草綱目拾遺》是一部重要的藥物學專著，共載藥物921種，其中716種是《本草綱目》所未收載或記錄不詳者。書中將藥物共分類為水、火、土、金、石、草、樹、蔓藤植物、花、種子、蔬菜、器物、鳥、獸、甲殼動物及昆蟲。內容總結了中醫19世紀的藥物學成就。
趙學敏另一本重要著作為《串雅》，是與"鈴醫"即民間走方郎中合作，廣泛收集整理民間醫藥經驗與知識，於1759年問世，分為內、外篇。趙學敏認為民間走方郎中的醫術很神奇，而且療效顯著。這些郎中們用藥具有平賤、顯驗、方便的特點，因此對他們非常推崇。1949年後在新中國出現的"赤腳醫生"，可以認為是他們的後繼者。趙學敏在書中闡明治療用藥不一定要貴重，他極力批評庸醫們的高昂收費，認為他們只會處方一些昂貴的補藥，但其實不懂辨別藥性。書中記載了許多療效卓著的走方醫經驗。
在19世紀，植物藥治療是中醫學的基本，早期有關文獻不繼被再次刊行，很多醫家如吳其浚(1789∼1846)於1848年出版之《植物名實圖考》、費伯雄於1863年撰寫《醫醇賸議》等，都希望為這個以植物為本的醫學作出貢獻。當時最聞名的中藥堂是同仁堂 ，位於首都北京，專門為皇宮供應藥物。
大量醫學書籍的編著及整理
為攏絡知識分子，清初的皇帝鼓勵學術活動，並時常資助大型文獻的編纂，因此當時有大量全書、類書及叢書刊行。
18世紀百科全書非常流行，當時出版的其中一本重要類書是《古今圖書集成》(1723)，由蔣廷錫等受命編纂，520卷，內容輯錄有古典醫籍的注釋、臨証各科診治、醫家傳略、醫學藝文與記事等。另一本清政府命令纂修之醫學叢書《醫宗金鑒》(1742)，由吳謙等人把18世紀初以前，歷代重要醫學著述加以校訂、刪補，并進行節錄編輯。全書共90卷分15門，包括醫學理論、各科診治、方劑、針灸與運氣等內容。1749年起，清"太醫院"規定為醫學生教科書。至今仍是重要的參考文藝。 當時醫家們撰寫個人專著亦是時尚，用以陳述自己的醫學見解。張璐(1617∼1700)的《張氏醫通》(1695)，主要是推祟溫補學說。同時有關醫學基礎書籍相繼面世，程國彭的《醫學心悟》(1732)一書，以簡明文字扼要清楚地論述中醫四診、八綱、八法以及臨証各科的診治，對初學者很有啟發。李用粹的《証治匯補》(1687)也是一部內科診治專著，記錄了80餘種病症辨証論治，主要為內科雜病，內容扼要簡明，便於學習及臨床應用。
由于清朝考據風氣盛行，不少醫家對重要的古典醫籍進行了大量的考證與注釋工作。舉例如《黃帝內經》、《傷寒論》、《金匱要略》等，都有大量注釋刊行。其他臨症各科包括內科、婦女、小兒、眼科、針灸、推拿、外科、傷科、氣功、養生等，各自有發展特點與突出成就，表現在不少醫家對疾病診治經驗的總結或醫著的空前增多。
西方醫學的傳入
19世紀末，清政府日益衰落，逐成其他國家的侵略對象。在宗教組織的支持下，傳教士及西方醫士們在中國的洋化運動中扮演了重要角色。當時出現很多由中國人或與西方人士共同開辦的西醫學校，一批關於西方醫學的釋本也相繼面世。西方醫學在中國開始日益廣泛深入地傳播，由沿海到內地，由設立診所到建醫院，由辦學校到吸收留學生，由翻譯醫書到成立學術團體，近百年間，形成了中醫與西醫并存的局面。近代最早去西方學醫者為黃寬(1829∼1878)，廣東香山縣人，1850年赴英國愛丁堡大學專攻醫科，1857年回國後，以其高明醫術及醫德，深受廣東一帶人民的愛戴。
中西醫學結合
在清朝末期，洋務運動引起了傳統中醫界的重視。由于種種複雜的原因，當時醫學界出現了幾種不同的態度和主張；一些人對傳統中醫一概加以鄙視，認為不科學，極力主張取締；一些人拒絕接受新事物，認為西方醫學全部不適合中國人；有一些受過西方思想的人，認識到中西醫各有所長，迫切探索發展中國醫學之路，試圖把中西醫學術加以匯通。當然根據當時歷史背景和醫家們本身條件限制，其匯通中西醫的活動，未能取得明顯的成就。 在匯通中西醫活動方面，其中最早的一位先驅者為朱沛文，字少廉，廣東南海縣人，出身醫學世家。他于1892年編撰了《中西臟腑圖像合纂》，將人體結構、臟腑圖像與西方生理解剖圖譜相互參照，加以論述。內容較系統、豐富及集中地反映了他的中西醫結合的學術思想。
總之，這時期的中外醫學交流，比以往不僅是次數天頻繁，地區天廣泛，而且內容也天豐富，對世界醫學和中醫學的發展，都有一定促進作用。
