重症肌無力的治療可分為四類：
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症狀性治療 |
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免疫抑制藥物 |
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短期免疫抑制治療 |
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手術切除胸腺 |
症狀性治療
肌肉注射抗乙醯膽素酯酵素藥物(如pyridostigmine & neostigmine)可增加肌力；由於增加了神經衝動的傳遞，但未能同時改善免疫功能不良情況。所以只可作為改善症狀藥物，常常與其他藥物同用，以產生更具影響力的療效。高劑量使用抗乙醯膽素酯酵素藥物時，如超出使用範圍可引起陣發性肌無力，很容易跟真正的重症肌無力症狀混淆。
免疫抑制藥物
Prednisone & azathioprine 仍然是重症肌無力症的主要免疫抑制藥物。選擇藥物時主要依據治療目的而定。
每日高劑量使用prednisone (一種激素類藥物) 非常有效並且起效快速，但不論長期或短期服用此藥都有副作用。另外高劑量使用時，開始的第一個星期有1/4的患者可能會產生潛在性、短暫的肌肉症狀加重。如發生此情況改為隔日應用即可。
Azathioprine是有效的免疫抑制藥物，但往往需要3-12月才能產生治療效果。適合較輕的病例單獨使用，或者作為附加藥物用以減輕prednisone使用量。其主要副作用為抑制骨髓生成及破壞肝功能。
Cyclosporine是近期用來治療復發性重症肌無力症，及不能耐受激素藥物治療的代替品。其主要的毒副作用有腎功能不良及高血壓。
短期免疫抑制治療
短期免疫抑制治療包括 血清替換 及 靜脈注射免疫球蛋白 ；可以快速地回復肌力。雖然此法的實質作用機理仍然未明，但可理解為改善免疫功能狀態。主要用于重症肌無力症危機或其他惡化病情，或者作為胸腺切除手術前的準備。對某些患者來說，此法非常昂貴，維持的作用亦有限。
胸腺切除手術
胸腺切除手術 被認為是對重症肌無力症唯一有明顯改善作用的非藥物治療方法。如證實患有胸腺瘤，就一定要手術切除；盡量切除胸腺組織及盡早手術可達到最高療效。
對大部分眼部或輕度全身性病癥的患者來說，只做症狀性治療經已足夠，偶爾在複視情況也必須使用免疫抑制藥物處理。一般免疫抑制藥物大多用于明顯的全身性重症肌無力症。
一般認為在青春期至50歲內，又有明顯的全身性病癥患者，胸腺切除手術是最基本療法，尤其是胸腺瘤患者。至於後期發生的全身性重症肌無力患者，同時伴有明顯的吞食及呼吸困難；就必須使用高劑量激素，以防止吸入性併發症或呼叫衰竭。
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