在傳統醫學發展過程中，針灸是較早出現的中醫手段。早在遠古時代，原始居民穴居野外，為生存必須時刻與疾病鬥爭。當人們用熱石取暖時，發現以石頭烘烤不同的體表部位可以舒緩某些不適，亦發現用磨銳的石塊捶擊特殊位置可舒緩某些體位的痛楚。這些經驗奠定了中醫經絡、針灸的基礎。考古研究說明距今1萬年至4千年前的新石器時代，古人已用砭石治病。砭石即原始的針刺和切割用具。隨著製造工藝不斷發展，針具由石針、骨針、竹針逐步發展成青銅針、鐵針、金針、銀針，直至現代的不銹鋼針。針灸從產生至形成理論體系，再發展和完善，經歷了漫長的過程。

根據歷史記載，春秋戰國時期，針砭、火灸、熱熨等，已廣泛用於治療疾病。1973年長沙馬王堆三號漢墓出土的醫學帛書中，論述了十一條脈的循行分佈、病癥表現和灸法治療。是現存最早的針灸學文獻，反映了經絡學說的早期面貌。中醫經典《黃帝內經》，包括《靈樞》和《素問》兩部分，概述了經絡、腧穴、針灸等。尤其是《靈樞》又稱《針經》，已較完整地描述經絡腧穴理論、刺灸方法和臨床治療等，為後世針灸學發展奠定了基礎。

秦漢三國時期，中醫針灸理論體系已建立。《難經》以闡明《內經》為要旨，其中有關奇經八脈和原氣的論述。同時，首次提出八會穴的概念，並按五行學說解釋五輸穴的理論和應用，建立配穴補瀉方法。《難經》中還提出針刺必須結合氣血與時令變化，春夏淺刺，秋冬深刺。這一時期的許多醫家都重視針灸研究。張仲景在其著作《傷寒論》中，多次論及刺灸、燒針、溫針等法。張仲景又提倡針藥合用以及辨証論治。華佗也精於針灸，強調氣至病所，重視針感傳導，取穴少而精。華佗又創用夾脊穴，後人稱為「華佗夾脊穴」。還有三國的灸家曹翕，完成《曹氏灸經》專著，總結了先秦至三國期間有關灸療的實踐經驗，為兩晉、南北朝時期灸法治療的興盛起了推動作用。

晉、南北朝時期，隨著針灸實踐的深化，出現了許多著名針灸家和專著。皇甫謐匯集《靈樞》、《素問》、《明堂孔穴針灸治要》等書的針灸內容精要，撰成《針灸甲乙經》，確定了349個腧穴的位置、主治、操作，介紹針灸方法、宜忌，和常見病的治療，是繼《內經》之後又一次總結，乃現存最早的一部中醫針灸專著。晉代葛洪 (281〜341 AD)在其《肘後備急方》中，記錄有針灸方109條，其中99條為灸方，使灸法受到當時人們的重視。他的妻子鮑姑亦擅長灸法。

隋、唐時期，隨著經濟文化的繁榮，針灸學已發展至相當水平。當時針灸已成為一門專科，國家重視針灸教育並起到重要推動作用。唐太醫署負責掌管醫藥和教育，內設有針灸醫學專科。其中有「針博士一人，針助教一人，針師十人，針工二十人，針生二十人」等，為針灸學的規範教育奠定了基礎。著名醫家孫思邈在其著作 《備急千金要方》中首次繪製三幅彩色經絡腧穴圖「明堂三人圖」，創用阿是穴取法和應用，亦介紹了「手指同身寸」取穴法。在手法操作上，孫思邈遵循《內經》提出的「重則為補，輕則為瀉」，又十分重視針灸的「得氣」。孫思邈還提倡灸法預防疾病的觀念，如「若要安，三里常不乾」的說法，即提議常灸足三里穴來保健防病。這一時期，灸法非常盛行，王燾著《外台秘要》和崔知悌著《骨蒸病灸方》，均收錄有大量灸法經驗。

宋代政府進一步完善針灸教育機構，設有獨立針科和灸科，《素問》、《難經》、《針灸甲乙經》等列為學員必修課本。北宋著名針灸家王惟一，在政府支持下，根據以前的針灸著作，重新考訂腧穴的位置及其所屬經脈，並增補了主治病証。他撰成《銅人腧穴針灸圖經》，確立354個腧穴，記述經絡、腧穴、刺灸手法等內容，更將全書內容刻於石碑上，供人參抄拓印。王惟一設計了兩具男子銅人模型，外面刻有經絡腧穴，內置臟腑，作為針灸教具和考核之用，大大促進了經絡腧穴理論的統一和針灸學的發展。南宋針灸家王執中，撰成《針灸資生經》，他十分重視實踐，書中搜集許多民間醫案。王執中也提倡灸法，以及注重壓痛點對診斷和治療疾病的作用。由於印刷術的發明，這段時期出現大量針灸專著。

金元時代，針灸應用非常普遍，有更多腧穴及其療效被確認，又創用很多新手法。何若愚撰寫《子午流注針經》，提倡子午流注按時取穴，以及經穴行針時間結合呼吸次數，稱為「接氣通經法」。之後，竇漢卿在《針經指南》中又提出「八法流注按時取穴法」、「手指補瀉」等，對發展針灸手法貢獻頗大。元代滑壽著《十四經發揮》，對經脈循行及其腧穴進行了考訂，並將十二經脈與任督二脈，合稱為「十四經脈」，對後世研究經脈影響巨大，至今仍常沿用。另外，蒙古傳統醫術如蒙古灸、刺血療法等被引入體系中，也有一定貢獻。

 

明代是中醫針灸學術發展的昌盛時代，名醫輩出，理論研究深化。對針灸文獻進行了廣泛的搜集和整理，同時出現很多學術流派，更豐富的手法，並把沒有歸經的穴位納為「奇穴」。代表有楊繼洲根據家傳《衛生針灸玄機秘要》，彙集歷代諸家學說和經驗，撰成《針灸大成》，是繼《內經》、《針灸甲乙經》後，對針灸學的又一次總結。書中論及經絡、腧穴、針灸手法及適應症，介紹了針灸與藥物綜合治療經驗，並載錄了針灸治療成功與失敗的醫案。該書現有40餘種版本，譯成多種文字，為後世習究的重要文獻。此外，徐鳳的《針灸大全》，評述針灸手法。汪機的《針灸問對》以問答形式論及針灸內容。陳會的《神應經》記述了「催氣法」，首先提出「平補平瀉」手法，補瀉以撚轉為主，再結合提插、呼吸、開闔等法。再如高武的《針灸聚英發揮》、吳崑的《針方六集》、張介賓的《類經圖翼》、李時珍的《奇經八脈考》等，對針灸發展有一定的作用。

清初至民國時期，針灸醫學由興盛逐漸衰落。吳謙等撰《醫宗金鑒》，其中《刺灸心法要訣》歌圖並茂，被定為清太醫院學生必修內容。及至清代中期後，統治者以「針刺火灸，究非奉君之所宜」為由，廢除了太醫院的針灸科。一般儒醫們也重湯藥而輕針灸，使針灸發展受到阻礙。鴉片戰爭後，西方醫學傳入中國，很多人開始歧視並極力主張取締中醫，針灸更加受到摧殘。儘管如此，由於針灸治病深得人心，仍在民間廣為流傳。針灸名醫李學川撰有《針灸逢源》，強調辨証取穴，針藥並重，並完整地列出了361個經穴，為現今針灸學教材所取用。

新中國成立後，十分重視繼承發揚中醫學，針灸治療獲得普及和提高。50年代初期，衛生部成立針灸療法實驗所。隨後全國各地相繼成立針灸研究、醫療、教學機構，《針灸學》列入中醫院校的必修課目，培育很多人才。對大批古代針灸書籍進行翻印、點校、注釋；對經絡理論、針刺鎮痛機制、穴位特異性、刺灸功能等，進行了很多實驗研究，出版大量學術專著和論文。在針刺鎮痛的基礎上，創立了「針刺麻醉」應用。此外，傳統針灸術亦跟光、聲、磁、脈衝、微波等現代技術結合，使針灸應用範疇不斷擴大。